助成金に税金はかかる？経理担当者が陥りがちな会計処理の落とし穴とリスク

はじめに

こんにちは。
創業融資の窓口、編集長の太田です。

このように聞かれることがたまにあります。
助成金や補助金を、創業期や中小企業の現場で活用するケースが年々増えています。

一方、税務・会計処理を誤ると、あとから思わぬ追徴課税や、金融機関からの評価ダウンにつながるリスクもあることをみなさんはどれぐらいご存知でしょうか。
本記事では、

• ・助成金と税金の基本的な関係
• ・会計処理で間違えやすいポイント
• ・圧縮記帳など、固定資産とセットになった助成金の扱い方
• ・創業融資や今後の借入にも響きうる見えないリスク

を、経営者・経理担当者向けにわかりやすく解説していきます。

助成金・補助金は「基本的に課税対象」

まず押さえておきたいのは、多くの事業用の助成金・補助金は、法人税・所得税の課税対象になるということです。

• ・法人の場合：法人税の課税対象（益金）
• ・個人事業主の場合：所得税の課税対象（事業所得の一部）

よくある誤解が、「売上じゃないから税金はかからない」というものですが、会計上は「営業外収益」や「雑収入」として益金に算入されるのが一般的です。

一方で、消費税の課税対象にはならないケースが多い点もポイントです。

「売上」ではなく「補助」であるため、課税売上には含めない扱いが基本となります。

収益計上のタイミングは「入金日」ではない

次に重要なのが、「いつ収益として計上すべきか」という点です。多くの助成金・補助金は、

 という流れをたどります。

税務上は、「返還不要が確定した時点」で収益計上することが原則とされています。つまり、

•  ・交付決定通知が届いた事業年度
• ・実績報告が認められ、支給額が確定した事業年度

のいずれかで収益計上する必要があり、入金日そのものとは必ずしも一致しません。ここを誤ると、

• ・特定の年度だけ利益が膨らみ法人税が増える
• ・逆に、後ろ倒しにしすぎて税務調査で指摘される

といったリスクにつながります。

助成金の会計処理パターン（基本編）

多くの中小企業・個人事業でよくあるパターンを整理すると、次のようになります。

1,運転資金・人件費等に対する助成金

例：雇用関係助成金、研修助成金 など

• ・収益区分：営業外収益や雑収入として計上
• ・用途：人件費や教育費などの経費と相殺され、結果として利益に反映

仕訳イメージ

2,設備投資に対する補助金・助成金

例：IT導入補助金、設備導入系の補助金 など

基本は上記と同様に「収益」として計上しますが、取得した固定資産との関係で圧縮記帳や収入不算入といった特例が利用できる場合があります。

通常処理：補助金全額を収益計上 → 固定資産は全額を取得価額として減価償却
圧縮記帳：補助金相当額を取得価額から控除 → 課税のタイミングを平準化

ただし、どの助成金でも圧縮記帳できるわけではなく、

• ・国や自治体からの補助金であること
• ・固定資産の取得に充てられていること
• ・一定の手続き（明細書の添付など）を行うこと

など、法律上の要件を満たす必要があります。

圧縮記帳の「勘違い」に注意

圧縮記帳は、「補助金を受け取った年度の税負担を抑える」ための仕組みですが、

• ・最終的な税額が減るわけではない
• ・減価償却費が減る分、翌期以降の利益は増える

という性質があります。

よくある誤解は、「圧縮記帳をすれば節税になる」という一面的な理解です。

実際には、

• ・今期の税額を抑えたいのか
• ・将来の利益計画や欠損金の消化状況をどう考えるか

など、事業全体のPL・CF計画を踏まえたうえで判断する必要があります。

創業融資の窓口で支援している企業の中には、

• ・補助金を活用して大きな設備投資をした後に、
• ・圧縮記帳を使うかどうかで税理士と何度もシミュレーションを行い、
• ・結果的に、「あえて圧縮記帳を使わない」という選択をした

というケースもあります。

重要なのは、「制度があるから使う」のではなく、
自社の中長期の利益・資金繰りにとって本当にプラスかどうかを検討することです。

経理担当者がハマりがちな落とし穴

次に助成金・補助金の会計処理で、よく相談を受けるつまずきポイントを挙げていきます。

入金ベースで処理してしまう

「交付決定日」「実績確定日」と収益計上のタイミングがずれると、税務調査で訂正を求められる可能性があります。

消費税まで誤って計上してしまう

補助金収入に消費税はかからないのに、売上として処理し、仕入控除との対応関係を狂わせてしまうケース。

資産に使った助成金なのに、圧縮記帳の検討をしていない

結果として、補助金を受け取った年度だけ利益が大きくなり、資金繰りに対して過大な税負担が発生することがありま.

「非課税の給付金」と混同している

コロナ禍の一部給付金や、個人向けの特別定額給付金など、税法上非課税となるものもありますが、事業用の多くの補助金・助成金は課税対象です。

助成金は「もらって終わり」ではなく「数字で管理する」

助成金・補助金の多くは、法人税・所得税の課税対象であり、適切な収益計上と会計処理が必要です。

設備投資とセットになった補助金では、圧縮記帳などの特例もありますが、自社の利益計画・資金繰りとセットで検討することが不可欠です。

「入金されたからその年度の売上」で処理してしまうと、税務・融資の両面で思わぬリスクを抱えることがあります。

創業期こそ、助成金を「ラッキーなお小遣い」としてではなく、事業の数字と一体で設計する資金調達手段として捉えることが重要です。

もし、

「うちの会計処理、このままで大丈夫だろうか？」
「今後、融資も視野に入れて数字を整えたい」

と感じたら、税理士だけでなく、創業融資や助成金に詳しい専門家にも一度相談してみてください。